Μέχρι το 1994 οι μαθητές Γυμνασίου και Λυκείου φοιτούσαν στο Γυμνάσιο στην περιοχή Νάρκισσου Εκάλης. Στη συνέχεια φοιτούσαν στο νέο Γυμνάσιο Δροσιάς. Το 1990 η κοινότητα Διονύσου παραχώρησε στον Ο.Σ.Κ. τον χώρο στην οδό Αττάλου (Ο.Τ.27Α). Στις 26 Μαΐου 1994, επί προεδρίας Σακ. Σωτηρίου, τέθηκε ο θεμέλιος λίθος του νέου κτιρίου. Στις 18 Γενάρη του 1995 έγιναν τα επίσημα εγκαίνια και ο αγιασμός του σημερινού Γυμνασίου-Λυκείου Διονύσου. Το 1996 με πρόταση του Π. Μάρκου Μανώλη δόθηκε στο Γυμνάσιο το όνομα «Φώτης Κόντογλου» προς τιμή του αγιογράφου και λογοτέχνη από τις Κυδωνιές (Αϊβαλί).